Thomas ve arkadaşları Labirent'ten kurtulmalarının ardından hapsoldukları tesisten kaçmayı başarmış ve dünyayı pençesinde tutan acımasız organizasyon W.I.C.K.E.D.'e direnen isyancı grup Right Hand ile bir araya gelmeyi başarabilmişlerdir.

Ancak Teresa'nın ihaneti sonucu grup kendini bir kez daha W.I.C.K.E.D.'a karşı mücadele ederken bulmuş, bu mücadele sırasında Minho'nun, organizasyon tarafından yakalanmasını engelleyememişlerdir.

Minho'yu kurtarmak için yola çıkan Thomas ve arkadaşları organizasyonun peşine düşer. Bu uğurda aldıkları kararlar yalnızca arkadaşlarının değil, dünyanın da kaderini değiştirecektir.